秘書處作為香港青少年發展聯會的執行單位，負責聯會的日常管理、建立、執行及宣傳聯會的服務宗旨及工作，並協調與本會屬下十八區青少年發展協會、青少年委員會及友好團體的溝通和合作。

秘書處架構

副總幹事         ︰鍾文晉先生

助理發展經理  ︰周偉杰先生

助理項目經理  ︰黃浩朗先生

發展幹事         ︰陳瑞瑩小姐

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計劃經理         ︰錢人攻先生

項目幹事         ︰林怡琳小姐

活動助理(兼職)︰杜汶薏小姐