秘書處作為香港青少年發展聯會的執行單位，負責聯會的日常管理、建立、執行及宣傳聯會的服務宗旨及工作，並協調與本會屬下十八區青少年發展協會、青少年委員會及友好團體的溝通和合作。

秘書處架構

副總幹事         ︰鍾文晉先生

助理發展經理  ︰陳錦文先生

助理項目經理  ︰黃浩朗先生

發展幹事         ︰黃思麗小姐

發展幹事         ︰袁頌汶小姐

活動助理(兼職)︰杜汶薏小姐